“Omics – Hunter”的评论

陈浩对《蛋白质组数据的差异分析-DEP(R 包)》的评论

陈浩 — Tue, 27 Jan 2026 06:10:02 +0000

回复给小泽。

可以的

载入演示数据 extdata对《R 基因突变位点可视化-trackViewer》的评论

载入演示数据 extdata — Tue, 16 Sep 2025 08:58:33 +0000

extdata，这个文件的格式文件可以给下吗？谢谢

小泽对《蛋白质组数据的差异分析-DEP(R 包)》的评论

小泽 — Thu, 28 Aug 2025 18:20:44 +0000

请问DIA-NN的定量.xls文件可以使用DEP包进行分析吗

陈浩对《R Mfuzz包使用简单说明》的评论

陈浩 — Sun, 20 Jul 2025 15:09:59 +0000

回复给12345。

是要添加什么样的图例呢？这个趋势就是时间点的图

12345对《R Mfuzz包使用简单说明》的评论

12345 — Thu, 17 Jul 2025 10:56:46 +0000

请问这个图可以加上图例吗？

陈浩对《pFind studio-国产DDA蛋白质鉴定解决方案》的评论

陈浩 — Mon, 27 Jan 2025 10:58:19 +0000

回复给马成龙。

百度云也备份的一个，链接: https://pan.baidu.com/s/1dlQBO8d6wMTnBeDBb45t2A?pwd=b9yf 提取码: b9yf

陈浩对《pFind studio-国产DDA蛋白质鉴定解决方案》的评论

陈浩 — Mon, 27 Jan 2025 09:50:41 +0000

回复给马成龙。

试试，http://pfind.net/software/pFind/index.html

马成龙对《pFind studio-国产DDA蛋白质鉴定解决方案》的评论

马成龙 — Thu, 02 Jan 2025 11:16:00 +0000

陈老师您好，请问您有pfind的安装包吗？目前pfind的官网好像打不开，无法下载软件。

陈浩对《蛋白质组数据的差异分析-DEP(R 包)》的评论

陈浩 — Wed, 02 Oct 2024 13:43:00 +0000

回复给林涵。

其实缺失值填充这个没有一个比较好的方法处理，诸如impute包里面支持的方法：”bpca”, “knn”, “QRILC”, “MLE”, “MinDet”, “MinProb”, “man”, “min”, “zero”, “mixed”, “nbavg”, “GSimp” or “RF”等，各种方法都有利弊。
蛋白组学的缺失值比较常用的几种方法：
1）填充0处理，这种比较粗暴，简单适合小样本量，比如做了一个3v3或者1v1；
2）可以用全局最小值的一半或者0.75倍，意在说明这些值是比检测下限还要小，但是对我们计算差异可能有影响，尤其是对于几个重复部分样本鉴定到部分没有鉴定到，但是这种方法用到的比较多，文献也多，主要优点是简单易操作也容易理解，相对于0来说看似更合理一点；
3）如果是大量样本要填充缺失值可以用像KNN或者RF，这种机器学习的方法相对更稳妥。
以上是个人观点仅供参考。

陈浩对《利用msconvert转换timsTOF .d文件》的评论

陈浩 — Wed, 02 Oct 2024 13:36:25 +0000

回复给samuel。

4D蛋白组学最近两年才出来，格式上软件支持不够是存在的。开源软件的话除了maxquant可以试试fragpipe.