Este es el repositorio del taller Análisis de patrones geográficos y evolutivos en Biogeografía y Biología de la Conservación en plantas del II Congreso Español de Botánica (SEBOT), organizado por Alberto J. Coello, Ignacio Ramos-Gutiérrez y Mario Fernández-Mazuecos.

La filogenia espacial es un campo multidisciplinar que integra conceptos de biología evolutiva, ecología y geografía para estudiar cómo los patrones evolutivos de las especies están organizados en un territorio. Esta intersección de campos permite aunar diferentes perspectivas para la detección de áreas y especies de interés conservacionista. Por lo tanto, el aprendizaje sobre cómo utilizar las herramientas existentes para integrar esta información es de potencial interés para un amplio público. Durante este taller, se realizará una breve introducción de los asistentes a la integración de información evolutiva en la caracterización de especies y espacios de interés conservacionista. En primer lugar, se introducirá el análisis CANAPE (Categorical Analysis of Neo- And Paleo-Endemism) y su implementación a través del paquete de R canaper. Posteriormente, hablaremos de la integración de filogenias en la priorización de especies para su conservación dentro del marco del índice EDGE, y realizaremos un cálculo práctico de este índice utilizando el paquete EDGEcalc. Además, si hubiera algún interesado en trabajar con datos propios, se podría amoldar el contenido del taller al uso de estos. Se recomienda que los interesados conozcan el entorno del programa R para realizar el taller. Se informará de los requerimientos de software (paquetes y versiones) según se acerque la fecha, del mismo modo que se facilitará el material necesario para realizar el taller. En caso de querer realizar el taller con datos propios, será necesario disponer de una filogenia para un grupo de estudio y una base de datos de distribución de sus especies.

Se recomienda que los asistentes descarguen el contenido de este repositorio a su propio ordenador. Para ello, basta con hacer clic en el botón verde de la parte superior derecha de la pantalla que dice "Code", el cual abrirá una pequeña ventana desde la que podremos descargar el repositorio completo en formato comprimido ("Download ZIP"). En caso de querer clonar el respositorio directamente desde una terminal, utilizar el siguiente código:

git clone https://github.com/albertojcoello/sebot_edge_canape.git

El código que utilizaremos requiere que se tengan instalados una serie de paquetes, los cuales se indican en el script de cada sección, pero se pueden instalar directamente en R con las siguientes líneas:

install.packages("ape")
install.packages("canaper")
install.packages("terra")
install.packages("tidyverse")
install.packages("devtools")

• Alberto J. Coello: [email protected], [email protected]
• Ignacio Ramos-Gutiérrez: [email protected], [email protected]
• Mario Fernández-Mazuecos: [email protected]