Per tal d'executar els notebooks dins de VS Code necessitareu:

• Instal·lar VS Code,
• Instal·lar l'extensió Python per VS Code,
• Instal·lar l'extensió Jupyter per VS Code,
• Crear un entorn virtual amb Conda

Primer cal instal·lar VS Code, l'extensió de Python per VS Code i l'extensió de Jupyter per VS Code.

A continuació detallarem els passos per crear un entorn virtual amb Conda.

Si treballeu en macOS, podeu fer:

brew install --cask miniconda

Per crear entorns locals a VS Code mitjançant Conda, obriu Command Palette (⇧⌘P), cerqueu i seleccioneu l'ordre Python: Create Environment.

Es mostra una llista amb els tipus d'entorn: Venv o Conda. Seleccioneu Conda.

L'ordre mostra una llista de versions de Python que es poden utilitzar al vostre projecte. Seleccioneu Python 3.11:

S'instal·laran automàticament les biblioteques definides al fitxer environment.yml.

Elimineu el fitxer environment.yml i la carpeta .conda:

rm -fr environment.yml .conda

Repetiu el pas anterior pe crear un entorn virtual nou amb la versió de Python que vulgueu, després obriu un terminal dins de VS Code i executeu les ordres següents:

conda install biopython chardet flake8 ipykernel matplotlib numpy pandas pycodestyle -q -y
pip install pycodestyle_magic

Ara ja podeu bolcar les biblioteques instal·lades amb conda amb la següent ordre:

conda export > environment.yml

Una vegada tingueu el programari instal·lat, obriu qualsevol dels notebooks amb les activitats a VS Code.

Per a executar-lo cal que seleccioneu l'entorn d'execució virtual, si no s'ha definit abans:

i seleccionar l'entorn virtual:

Per executar el contenidor, primer cal instal·lar i executar Docker Desktop.

Després cal Construir el contenidor:

docker-compose build

Un cop construit el contenidor, es podrà aixecar amb la següent ordre:

docker-compose up

Obriu l'url http://localhost:8888/lab/